呼吸器外科は、胸部にあって肺や気管支、縦隔（じゅうかく）、胸壁、横隔膜など呼吸器にかかわる疾患の手術治療を担う科です。気胸を代表とする良性疾患はもとより、肺がん、転移性肺腫瘍、縦隔腫瘍、膿胸など呼吸器外科疾患全般に対する手術治療を行っています。胸腔鏡下手術（内視鏡手術）を中心に、本院（神戸大学医学部附属病院）と連携しながら最先端の治療をおこなっています。小さな傷だけで手術を終えることで、感染や肺炎など手術後に起こる恐れのある合併症を減らすことができます。また、痛みの軽減や入院期間の短縮など入院中のストレスを減らすことが期待できる「低侵襲（体への負担が少ない）」をモットーとしています。2018年6月から、本院において肺がんに対するロボット支援下手術をはじめました。当センターにおきましても日本初の国産手術支援ロボットを導入のうえ、縦隔腫瘍に対するロボット支援下手術をはじめる準備をすすめています。