病院機能評価とは、我が国の病院を対象に、組織全体の運営管理及び提供される医療について、公益財団法人日本医療機能評価機構が中立的、科学的・専門的な見地から評価を行う第三者評価です。

平成19年１月に『地域がん診療連携拠点病院』に指定され、病院をあげて地域がん診療の中心的役割を果たすべく取り組んでいます。
実際の診療では、痛みなどの苦痛を和らげるため医師、薬剤師、看護師などからなる緩和ケアチームが活躍しています。

神戸市のみならず兵庫県全域の救急医療拠点として高度かつ先進的な救急医療の提供を実践しています。
災害や大規模事故発生時には、特別な訓練を受けた災害派遣医療チーム（DMAT）を災害現場等で派遣し、消防機関等と連携した救命活動を実施しています。

兵庫県より『エイズ治療拠点病院』の指定を受け、エイズ患者及びＨＩＶに感染した方の治療を行うとともに、情報の収集や地域の医療機関への情報提供及び医療従事者への教育を行っています。

神戸大学医学部附属病院は、一般財団法人日本医療教育財団による「外国人患者受入れ医療機関認証制度（JMIP）」を受審し、平成31年4月3日付けで認証されました。

厚生労働省より、令和元年9月に「がんゲノム医療拠点病院」として指定を受けました。